Valstybinė kultūros paveldo komisija pranešė teikianti prof. Juozo Algirdo Pilipavičiaus kandidatūrą Lietuvos nacionalinei kultūros ir meno premijai gauti, siūlydama apdovanoti už viso gyvenimo nuopelnus restauruojant ir saugant kultūros paveldą, drąsą visuomeninėje ir kūrybinėje veikloje, pedagoginę veiklą bei meninę kūrybą.
J. A. Pilipavičius yra restauravęs daugiau nei 70 XIV–XX a. freskų, tuo prisidėdamas prie reikšmingiausių kultūros paveldo objektų išsaugojimo (Vilniaus Šv. Jonų bažnyčios sienų tapybos, Vilniaus Šv. Dvasios (dominikonų) bažnyčios, Vilniaus arkikatedros sienų tapybos, seniausios Lietuvoje XIV a. freskos Vilniaus arkikatedros požemyje restauravimas ir t. t.). Atstovaudamas inovatyviai restauratorių mokyklai, nekūrė vientiso, romantizuoto praeities vaizdo, o palikdavo atidengtas įvairių laikotarpių žymes, rodančias laiko tėkmę ir epochų kaitą, t. y. – nesiekė stilistinės vienovės. Profesorius turi sienų tapybos restauravimo eksperto kategoriją, kurią turi tik du restauratoriai Lietuvoje.
Įvairiapusę prof. J. A. Pilipavičiaus asmenybę liudija meninė kūryba. Drąsą ir idealizmą atspindi sovietiniu laikotarpiu draustos religinės tematikos darbai – 1975–1980 m. Ukmergės Šv. Petro ir Povilo bažnyčiai sukurtos mozaikos su šventųjų figūromis bei 1980 m. Šiluvos koplyčioje nutapyta freska „Švč. Mergelės Marijos paveikslo karūnavimas“.
J. A. Pilipavičius yra ne vien tik jautrus architektūros paveldo saugotojas ir viešųjų erdvių dekoratorius, jis – tapytojas, nuo 1979 m. surengęs septynias asmenines parodas ir aktyviai dalyvaujantis „Plekšnės“ klubo veikloje. Į klasikinę tapybą ir savo pasirenkamus motyvus jis žiūri ne mažiau pagarbiai nei į istorines freskas. Autorius yra nutapęs apie 500 temperos ir akrilo paveikslų.
Nuo 1997 m. profesorius rengia sienų tapybos restauravimo specialistus Vilniaus dailės akademijoje. Taip pat yra vienintelis Paveldo komisijos narys, priklausantis jai nuo pat įkūrimo 1995 m., šiais metais išrinktas pirmininko pavaduotoju.