Vyskupo Antano Vaičiaus rūpinimusi vykusios rekonstrukcijos metu bandyta bent iš dalies atkartoti autentišką langų rėmo skaidymą, tačiau darbai atlikti nekokybiškai. Įstatytų metalinių langų rėmai buvo nesandarūs, todėl visiškai surūdijo.
Avarinės būklės langai pakeisti naujais, kuo autentiškesniais: išlaikytas 1897 metų smulkus lango segmento dalijimas, metalinio rėmo proporcijos ir piešinys. Taip pat atlikti ir vitražų tvarkybos darbai, mat su jais buvo ypač susijusi šilumos izoliacijos problema. „Vitražas nesulaiko šilumos, o jei nepakeisti ir langai, tai įrengti šildymą bažnyčioje paprasčiausiai nėra prasmės“, – prieš kelerius metus žurnalui „Statyba ir architektūra“ aiškino Vilniaus dailės akademijos profesorius Algirdas Dovydėnas.
Kol Telšių katedros vitražai dirbtuvėse buvo restauruojami – nuvalyti, įdėti trūkstami stiklai, pakeisti deformuoti metaliniai vitražų rėmai – jų vietoje sumontuoti stiklo paketai, skirti efektyvesnei šilumos izoliacijai užtikrinti. Restauruoti vitražai grąžinti į suprojektuotą specialiai jiems skirtą atskirą rėmą šalia stiklo paketo. Tokia racionaliausia ir moderniausia metodika sėkmingai taikoma Vakaruose. Katedroje taip pat įvestas geoterminis šildymas. Per didžiausius šalčius čia yra ne mažiau kaip 8–10 laipsnių šilumos. Geoterminis šildymas, anot Šv. Antano Paduviečio katedros administratoriaus kunigo kanauninko Domo Gatauto, buvo pasirinktas galvojant ne tik apie racionalumą, bet ir ekologiją.
„Katedros nebuvo galima apšiltinti iš vidaus, prikabinti radiatorių, nes tai iškreiptų architektūrinį vaizdą. Tačiau norint pradėti šildyti visų pirma reikėjo sudaryti sąlygas, kad šiluma nebūtų švaistoma. Tuomet ir buvo nutarta pakeisti medines grindis ir įrengti grindų šildymą“, – paaiškino D. Gatautas. Maldos namuose įvesti grindų šildymą, pašnekovo teigimu, užtruko trumpiau, negu gauti leidimus.
Kunigas laikosi nuomonės, kad paveldo objektus būtina išsaugoti minimaliai jiems pakenkiant. Vis dėlto, D. Gatauto įsitikinimu, kai kuriais atvejais paveldosaugininkai per daug reiklūs, o jų reikalavimai – neracionalūs.